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Experimental detail # ######################### ################################## # NMR Spectrometer definitions # ################################## save_spectrometer_1 _NMR_spectrometer.Sf_category NMR_spectrometer _NMR_spectrometer.Sf_framecode spectrometer_1 _NMR_spectrometer.Entry_ID c15417_2jtp _NMR_spectrometer.ID 1 _NMR_spectrometer.Details . _NMR_spectrometer.Manufacturer Bruker _NMR_spectrometer.Model DMX _NMR_spectrometer.Serial_number . _NMR_spectrometer.Field_strength 750 save_ save_spectrometer_2 _NMR_spectrometer.Sf_category NMR_spectrometer _NMR_spectrometer.Sf_framecode spectrometer_2 _NMR_spectrometer.Entry_ID c15417_2jtp _NMR_spectrometer.ID 2 _NMR_spectrometer.Details . _NMR_spectrometer.Manufacturer Bruker _NMR_spectrometer.Model DMX _NMR_spectrometer.Serial_number . _NMR_spectrometer.Field_strength 600 save_ save_spectrometer_3 _NMR_spectrometer.Sf_category NMR_spectrometer _NMR_spectrometer.Sf_framecode spectrometer_3 _NMR_spectrometer.Entry_ID c15417_2jtp _NMR_spectrometer.ID 3 _NMR_spectrometer.Details . _NMR_spectrometer.Manufacturer Varian _NMR_spectrometer.Model INOVA _NMR_spectrometer.Serial_number . _NMR_spectrometer.Field_strength 600 save_ save_spectrometer_4 _NMR_spectrometer.Sf_category NMR_spectrometer _NMR_spectrometer.Sf_framecode spectrometer_4 _NMR_spectrometer.Entry_ID c15417_2jtp _NMR_spectrometer.ID 4 _NMR_spectrometer.Details . _NMR_spectrometer.Manufacturer Varian _NMR_spectrometer.Model INOVA _NMR_spectrometer.Serial_number . _NMR_spectrometer.Field_strength 800 save_ save_spectrometer_5 _NMR_spectrometer.Sf_category NMR_spectrometer _NMR_spectrometer.Sf_framecode spectrometer_5 _NMR_spectrometer.Entry_ID c15417_2jtp _NMR_spectrometer.ID 5 _NMR_spectrometer.Details . _NMR_spectrometer.Manufacturer Bruker _NMR_spectrometer.Model DMX _NMR_spectrometer.Serial_number . _NMR_spectrometer.Field_strength 500 save_ save_spectrometer_6 _NMR_spectrometer.Sf_category NMR_spectrometer _NMR_spectrometer.Sf_framecode spectrometer_6 _NMR_spectrometer.Entry_ID c15417_2jtp _NMR_spectrometer.ID 6 _NMR_spectrometer.Details . _NMR_spectrometer.Manufacturer Varian _NMR_spectrometer.Model INOVA _NMR_spectrometer.Serial_number . _NMR_spectrometer.Field_strength 900 save_ save_NMR_spectrometer_list _NMR_spectrometer_list.Sf_category NMR_spectrometer_list _NMR_spectrometer_list.Sf_framecode NMR_spectrometer_list _NMR_spectrometer_list.Entry_ID c15417_2jtp _NMR_spectrometer_list.ID 1 loop_ _NMR_spectrometer_view.ID _NMR_spectrometer_view.Name _NMR_spectrometer_view.Manufacturer _NMR_spectrometer_view.Model _NMR_spectrometer_view.Serial_number _NMR_spectrometer_view.Field_strength _NMR_spectrometer_view.Details _NMR_spectrometer_view.Citation_ID _NMR_spectrometer_view.Citation_label _NMR_spectrometer_view.Entry_ID _NMR_spectrometer_view.NMR_spectrometer_list_ID 1 spectrometer_1 Bruker DMX . 750 . . . c15417_2jtp 1 2 spectrometer_2 Bruker DMX . 600 . . . c15417_2jtp 1 3 spectrometer_3 Varian INOVA . 600 . . . c15417_2jtp 1 4 spectrometer_4 Varian INOVA . 800 . . . c15417_2jtp 1 5 spectrometer_5 Bruker DMX . 500 . . . c15417_2jtp 1 6 spectrometer_6 Varian INOVA . 900 . . . c15417_2jtp 1 stop_ save_ ############################# # NMR applied experiments # ############################# save_experiment_list _Experiment_list.Sf_category experiment_list _Experiment_list.Sf_framecode experiment_list _Experiment_list.Entry_ID c15417_2jtp _Experiment_list.ID 1 _Experiment_list.Details . loop_ _Experiment.ID _Experiment.Name _Experiment.Raw_data_flag _Experiment.NMR_spec_expt_ID _Experiment.NMR_spec_expt_label _Experiment.Sample_ID _Experiment.Sample_label _Experiment.Sample_state _Experiment.Sample_volume _Experiment.Sample_volume_units _Experiment.Sample_condition_list_ID _Experiment.Sample_condition_list_label _Experiment.Sample_spinning_rate _Experiment.Sample_angle _Experiment.NMR_tube_type _Experiment.NMR_spectrometer_ID _Experiment.NMR_spectrometer_label _Experiment.NMR_spectrometer_probe_ID _Experiment.NMR_spectrometer_probe_label _Experiment.NMR_spectral_processing_ID _Experiment.NMR_spectral_processing_label _Experiment.Entry_ID _Experiment.Experiment_list_ID 1 '2D 1H-1H TOCSY' no . . 2 $sample_2 isotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . . . . . . . c15417_2jtp 1 2 '2D 1H-1H NOESY' yes 1 . 2 $sample_2 isotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . . . . . . . c15417_2jtp 1 3 '2D 1H-1H COSY' no . . 1 $sample_1 isotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . . . . . . . c15417_2jtp 1 4 '2D 1H-15N HSQC' no . . 4 $sample_4 isotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . . . . . . . c15417_2jtp 1 5 '2D 1H-13C HSQC' no . . 4 $sample_4 isotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . . . . . . . c15417_2jtp 1 6 '3D 1H-13C-1H HCCH-TOCSY' no . . 4 $sample_4 isotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . . . . . . . c15417_2jtp 1 7 '3D NOESY-HMQC' no . . 4 $sample_4 isotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . . . . . . . c15417_2jtp 1 8 'J-MODULATED 1H-13C CT-HSQC' no . . 3 $sample_3 isotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . . . . . . . c15417_2jtp 1 9 'J-MODULATED 1H-13C CT-HSQC' no . . 3 $sample_3 anisotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . . . . . . . c15417_2jtp 1 10 '2D 1H-1H NOESY' yes 2 . 1 $sample_1 isotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . . . . . . . c15417_2jtp 1 stop_ save_ save_NMR_spectrometer_expt_1 _NMR_spec_expt.Sf_category NMR_spectrometer_expt _NMR_spec_expt.Sf_framecode NMR_spectrometer_expt_1 _NMR_spec_expt.Entry_ID c15417_2jtp _NMR_spec_expt.ID 1 _NMR_spec_expt.Name '2D 1H-1H NOESY' _NMR_spec_expt.Type . _NMR_spec_expt.Sample_volume . _NMR_spec_expt.Sample_volume_units . _NMR_spec_expt.NMR_tube_type . _NMR_spec_expt.Sample_spinning_rate . _NMR_spec_expt.Sample_angle . _NMR_spec_expt.NMR_spectrometer_ID . _NMR_spec_expt.NMR_spectrometer_label . _NMR_spec_expt.NMR_spectrometer_probe_ID . _NMR_spec_expt.NMR_spectrometer_probe_label . _NMR_spec_expt.Carrier_freq_switch_time . _NMR_spec_expt.Software_ID . _NMR_spec_expt.Software_label . _NMR_spec_expt.Method_ID . _NMR_spec_expt.Method_label . _NMR_spec_expt.Pulse_seq_accession_BMRB_code . _NMR_spec_expt.Details . loop_ _NMR_experiment_file.Name _NMR_experiment_file.Type _NMR_experiment_file.Directory_path _NMR_experiment_file.Byte_order _NMR_experiment_file.Bytes_per_data_point _NMR_experiment_file.File_header_size _NMR_experiment_file.Record_header_size _NMR_experiment_file.Record_trailer_size _NMR_experiment_file.Compression_algorithm _NMR_experiment_file.Details _NMR_experiment_file.Entry_ID _NMR_experiment_file.NMR_spec_expt_ID acqus 'acquisition parameters' http://www.bmrb.wisc.edu/data_library/timedomain/1/bmr15417/timedomain_data/SIV34wt_D2ONOESY/ . . . . . . . c15417_2jtp 1 pulseprogram 'pulse program' http://www.bmrb.wisc.edu/data_library/timedomain/1/bmr15417/timedomain_data/SIV34wt_D2ONOESY/ . . . . . . . c15417_2jtp 1 ser 'raw spectral data' http://www.bmrb.wisc.edu/data_library/timedomain/1/bmr15417/timedomain_data/SIV34wt_D2ONOESY/ . . . . . . . c15417_2jtp 1 . 'NMR Experiment Directory' http://www.bmrb.wisc.edu/data_library/timedomain/1/bmr15417/timedomain_data/SIV34wt_D2ONOESY/ . . . . . . . c15417_2jtp 1 procs 'processing parameters' http://www.bmrb.wisc.edu/data_library/timedomain/1/bmr15417/timedomain_data/SIV34wt_D2ONOESY/pdata/1/ . . . . . . . c15417_2jtp 1 stop_ save_ save_NMR_spectrometer_expt_2 _NMR_spec_expt.Sf_category NMR_spectrometer_expt _NMR_spec_expt.Sf_framecode NMR_spectrometer_expt_2 _NMR_spec_expt.Entry_ID c15417_2jtp _NMR_spec_expt.ID 2 _NMR_spec_expt.Name '2D 1H-1H NOESY' _NMR_spec_expt.Type . _NMR_spec_expt.Sample_volume . _NMR_spec_expt.Sample_volume_units . _NMR_spec_expt.NMR_tube_type . _NMR_spec_expt.Sample_spinning_rate . _NMR_spec_expt.Sample_angle . _NMR_spec_expt.NMR_spectrometer_ID . _NMR_spec_expt.NMR_spectrometer_label . _NMR_spec_expt.NMR_spectrometer_probe_ID . _NMR_spec_expt.NMR_spectrometer_probe_label . _NMR_spec_expt.Carrier_freq_switch_time . _NMR_spec_expt.Software_ID . _NMR_spec_expt.Software_label . _NMR_spec_expt.Method_ID . _NMR_spec_expt.Method_label . _NMR_spec_expt.Pulse_seq_accession_BMRB_code . _NMR_spec_expt.Details . loop_ _NMR_experiment_file.Name _NMR_experiment_file.Type _NMR_experiment_file.Directory_path _NMR_experiment_file.Byte_order _NMR_experiment_file.Bytes_per_data_point _NMR_experiment_file.File_header_size _NMR_experiment_file.Record_header_size _NMR_experiment_file.Record_trailer_size _NMR_experiment_file.Compression_algorithm _NMR_experiment_file.Details _NMR_experiment_file.Entry_ID _NMR_experiment_file.NMR_spec_expt_ID acqus 'acquisition parameters' http://www.bmrb.wisc.edu/data_library/timedomain/1/bmr15417/timedomain_data/SIV34wt_H2ONOESY/ . . . . . . . c15417_2jtp 2 pulseprogram 'pulse program' http://www.bmrb.wisc.edu/data_library/timedomain/1/bmr15417/timedomain_data/SIV34wt_H2ONOESY/ . . . . . . . c15417_2jtp 2 ser 'raw spectral data' http://www.bmrb.wisc.edu/data_library/timedomain/1/bmr15417/timedomain_data/SIV34wt_H2ONOESY/ . . . . . . . c15417_2jtp 2 . 'NMR Experiment Directory' http://www.bmrb.wisc.edu/data_library/timedomain/1/bmr15417/timedomain_data/SIV34wt_H2ONOESY/ . . . . . . . c15417_2jtp 2 procs 'processing parameters' http://www.bmrb.wisc.edu/data_library/timedomain/1/bmr15417/timedomain_data/SIV34wt_H2ONOESY/pdata/1/ . . . . . . . c15417_2jtp 2 stop_ save_ #################### # NMR parameters # #################### ############################## # Assigned chemical shifts # ############################## ################################ # Chemical shift referencing # ################################ save_chemical_shift_reference_1 _Chem_shift_reference.Sf_category chem_shift_reference _Chem_shift_reference.Sf_framecode chemical_shift_reference_1 _Chem_shift_reference.Entry_ID c15417_2jtp _Chem_shift_reference.ID 1 _Chem_shift_reference.Details . loop_ _Chem_shift_ref.Atom_type _Chem_shift_ref.Atom_isotope_number _Chem_shift_ref.Mol_common_name _Chem_shift_ref.Atom_group _Chem_shift_ref.Concentration_val _Chem_shift_ref.Concentration_units _Chem_shift_ref.Solvent _Chem_shift_ref.Rank _Chem_shift_ref.Chem_shift_units _Chem_shift_ref.Chem_shift_val _Chem_shift_ref.Ref_method _Chem_shift_ref.Ref_type _Chem_shift_ref.Indirect_shift_ratio _Chem_shift_ref.External_ref_loc _Chem_shift_ref.External_ref_sample_geometry _Chem_shift_ref.External_ref_axis _Chem_shift_ref.Indirect_shift_ratio_cit_ID _Chem_shift_ref.Indirect_shift_ratio_cit_label _Chem_shift_ref.Ref_correction_type _Chem_shift_ref.Correction_val _Chem_shift_ref.Correction_val_cit_ID _Chem_shift_ref.Correction_val_cit_label _Chem_shift_ref.Entry_ID _Chem_shift_ref.Chem_shift_reference_ID H 1 water protons . . . . ppm 4.76 internal direct 1 . . . . . . . . . c15417_2jtp 1 C 13 water protons . . . . ppm 4.76 na indirect 0.251449530 . . . . . . . . . c15417_2jtp 1 N 15 water protons . . . . ppm 4.76 na indirect 0.101329118 . . . . . . . . . c15417_2jtp 1 stop_ save_ ################################### # Assigned chemical shift lists # ################################### ################################################################### # Chemical Shift Ambiguity Index Value Definitions # # # # The values other than 1 are used for those atoms with different # # chemical shifts that cannot be assigned to stereospecific atoms # # or to specific residues or chains. # # # # Index Value Definition # # # # 1 Unique (including isolated methyl protons, # # geminal atoms, and geminal methyl # # groups with identical chemical shifts) # # (e.g. ILE HD11, HD12, HD13 protons) # # 2 Ambiguity of geminal atoms or geminal methyl # # proton groups (e.g. ASP HB2 and HB3 # # protons, LEU CD1 and CD2 carbons, or # # LEU HD11, HD12, HD13 and HD21, HD22, # # HD23 methyl protons) # # 3 Aromatic atoms on opposite sides of # # symmetrical rings (e.g. TYR HE1 and HE2 # # protons) # # 4 Intraresidue ambiguities (e.g. LYS HG and # # HD protons or TRP HZ2 and HZ3 protons) # # 5 Interresidue ambiguities (LYS 12 vs. LYS 27) # # 6 Intermolecular ambiguities (e.g. ASP 31 CA # # in monomer 1 and ASP 31 CA in monomer 2 # # of an asymmetrical homodimer, duplex # # DNA assignments, or other assignments # # that may apply to atoms in one or more # # molecule in the molecular assembly) # # 9 Ambiguous, specific ambiguity not defined # # # ################################################################### save_assigned_chem_shift_list_1 _Assigned_chem_shift_list.Sf_category assigned_chemical_shifts _Assigned_chem_shift_list.Sf_framecode assigned_chem_shift_list_1 _Assigned_chem_shift_list.Entry_ID c15417_2jtp _Assigned_chem_shift_list.ID 1 _Assigned_chem_shift_list.Sample_condition_list_ID 1 _Assigned_chem_shift_list.Sample_condition_list_label $sample_conditions_1 _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_reference_ID 1 _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_reference_label $chemical_shift_reference_1 _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_1H_err . _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_13C_err . _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_15N_err . _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_31P_err . _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_2H_err . _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_19F_err . _Assigned_chem_shift_list.Error_derivation_method . _Assigned_chem_shift_list.Details . _Assigned_chem_shift_list.Text_data_format . _Assigned_chem_shift_list.Text_data . loop_ _Chem_shift_experiment.Experiment_ID _Chem_shift_experiment.Experiment_name _Chem_shift_experiment.Sample_ID _Chem_shift_experiment.Sample_label _Chem_shift_experiment.Sample_state _Chem_shift_experiment.Entry_ID _Chem_shift_experiment.Assigned_chem_shift_list_ID 5 '2D 1H-13C HSQC' . . . c15417_2jtp 1 2 '2D 1H-1H NOESY' . . . c15417_2jtp 1 10 '2D 1H-1H NOESY' . . . c15417_2jtp 1 4 '2D 1H-15N HSQC' . . . c15417_2jtp 1 stop_ loop_ _Atom_chem_shift.ID _Atom_chem_shift.Assembly_atom_ID _Atom_chem_shift.Entity_assembly_ID _Atom_chem_shift.Entity_ID _Atom_chem_shift.Comp_index_ID _Atom_chem_shift.Seq_ID _Atom_chem_shift.Comp_ID _Atom_chem_shift.Atom_ID _Atom_chem_shift.Atom_type 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O3' . . . . . 34 . P . . . . . 34 . O5' . . . . . 34 . C5' . . c15417_2jtp 1 123 . . 1 1 34 34 C P P . . 1 1 34 34 C O5' O . . 1 1 34 34 C C5' C . . 1 1 34 34 C C4' C . -194.90 -164.90 . . . A . 34 C P . . A . 34 C O5' . . A . 34 C C5' . . A . 34 C C4' . . . 34 . P . . . . . 34 . O5' . . . . . 34 . C5' . . . . . 34 . C4' . . c15417_2jtp 1 124 . . 1 1 34 34 C O5' O . . 1 1 34 34 C C5' C . . 1 1 34 34 C C4' C . . 1 1 34 34 C C3' C . 32.44 62.44 . . . A . 34 C O5' . . A . 34 C C5' . . A . 34 C C4' . . A . 34 C C3' . . . 34 . O5' . . . . . 34 . C5' . . . . . 34 . C4' . . . . . 34 . C3' . . c15417_2jtp 1 125 . . 1 1 34 34 C C5' C . . 1 1 34 34 C C4' C . . 1 1 34 34 C C3' C . . 1 1 34 34 C O3' O . 68.45 98.45 . . . A . 34 C C5' . . A . 34 C C4' . . A . 34 C C3' . . A . 34 C O3' . . . 34 . C5' . . . . . 34 . C4' . . . . . 34 . C3' . . . . . 34 . O3' . . c15417_2jtp 1 126 . . 1 1 1 1 G O4' O . . 1 1 1 1 G C1' C . . 1 1 1 1 G N9 N . . 1 1 1 1 G C4 C . -175.00 -145.00 . . . A . 1 G O4' . . 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