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Citations # ############### save_entry_citation _Citation.Sf_category citations _Citation.Sf_framecode entry_citation _Citation.Entry_ID c18453_2lsz _Citation.ID 1 _Citation.Class 'entry citation' _Citation.CAS_abstract_code . _Citation.MEDLINE_UI_code . _Citation.DOI . _Citation.PubMed_ID 20049919 _Citation.Full_citation . _Citation.Title 'NMR structure of duplex DNA containing the -OH-PdG dA base pair: A mutagenic intermediate of acrolein' _Citation.Status published _Citation.Type journal _Citation.Journal_abbrev Biopolymers _Citation.Journal_name_full . _Citation.Journal_volume 93 _Citation.Journal_issue 4 _Citation.Journal_ASTM . _Citation.Journal_ISSN . _Citation.Journal_CSD . _Citation.Book_title . _Citation.Book_chapter_title . _Citation.Book_volume . _Citation.Book_series . _Citation.Book_publisher . _Citation.Book_publisher_city . _Citation.Book_ISBN . _Citation.Conference_title . _Citation.Conference_site . _Citation.Conference_state_province . _Citation.Conference_country . _Citation.Conference_start_date . _Citation.Conference_end_date . _Citation.Conference_abstract_number . _Citation.Thesis_institution . _Citation.Thesis_institution_city . _Citation.Thesis_institution_country . _Citation.WWW_URL . _Citation.Page_first 391 _Citation.Page_last 401 _Citation.Year 2010 _Citation.Details . loop_ _Citation_author.Ordinal _Citation_author.Given_name _Citation_author.Family_name _Citation_author.First_initial _Citation_author.Middle_initials _Citation_author.Family_title _Citation_author.Entry_ID _Citation_author.Citation_ID 1 Tanya Zaliznyak . . . c18453_2lsz 1 2 Carlos 'de los Santos' . . . c18453_2lsz 1 3 Mark Lukin . . . c18453_2lsz 1 4 Mahmoud El-khateeb . . . c18453_2lsz 1 5 Rahda Bonala . . . c18453_2lsz 1 6 Francis Johnson . . . c18453_2lsz 1 stop_ save_ ############################################# # Molecular system (assembly) description # ############################################# save_assembly _Assembly.Sf_category assembly _Assembly.Sf_framecode assembly _Assembly.Entry_ID c18453_2lsz _Assembly.ID 1 _Assembly.Name 11_mer_oligonucleotide-B _Assembly.BMRB_code . _Assembly.Number_of_components 2 _Assembly.Organic_ligands . _Assembly.Metal_ions . _Assembly.Non_standard_bonds . _Assembly.Ambiguous_conformational_states . _Assembly.Ambiguous_chem_comp_sites . _Assembly.Molecules_in_chemical_exchange . _Assembly.Paramagnetic no _Assembly.Thiol_state . _Assembly.Molecular_mass . _Assembly.Enzyme_commission_number . _Assembly.Details . _Assembly.DB_query_date . _Assembly.DB_query_revised_last_date . loop_ _Entity_assembly.ID _Entity_assembly.Entity_assembly_name _Entity_assembly.Entity_ID _Entity_assembly.Entity_label _Entity_assembly.Asym_ID _Entity_assembly.PDB_chain_ID _Entity_assembly.Experimental_data_reported _Entity_assembly.Physical_state _Entity_assembly.Conformational_isomer _Entity_assembly.Chemical_exchange_state _Entity_assembly.Magnetic_equivalence_group_code _Entity_assembly.Role _Entity_assembly.Details _Entity_assembly.Entry_ID _Entity_assembly.Assembly_ID 1 11_mer_oligonucleotide-B 1 $11_mer_oligonucleotide-B B . yes native no no . . . c18453_2lsz 1 2 11_mer_oligonucleotide-D 2 $11_mer_oligonucleotide-D D . yes native no no . . . c18453_2lsz 1 stop_ save_ #################################### # Biological polymers and ligands # #################################### save_11_mer_oligonucleotide-B _Entity.Sf_category entity _Entity.Sf_framecode 11_mer_oligonucleotide-B _Entity.Entry_ID c18453_2lsz _Entity.ID 1 _Entity.BMRB_code . _Entity.Name 11_mer_oligonucleotide-B _Entity.Type polymer _Entity.Polymer_common_type . _Entity.Polymer_type polydeoxyribonucleotide _Entity.Polymer_type_details . _Entity.Polymer_strand_ID B _Entity.Polymer_seq_one_letter_code_can . _Entity.Polymer_seq_one_letter_code CGTACGCATGC _Entity.Target_identifier . _Entity.Polymer_author_defined_seq . _Entity.Polymer_author_seq_details '(aG) : (R)1,N2-a-(OH)-PdG' _Entity.Ambiguous_conformational_states no _Entity.Ambiguous_chem_comp_sites no _Entity.Nstd_monomer no _Entity.Nstd_chirality no _Entity.Nstd_linkage no _Entity.Nonpolymer_comp_ID . _Entity.Nonpolymer_comp_label . _Entity.Number_of_monomers 11 _Entity.Number_of_nonpolymer_components . _Entity.Paramagnetic no _Entity.Thiol_state 'not present' _Entity.Src_method . _Entity.Parent_entity_ID . _Entity.Fragment . _Entity.Mutation . _Entity.EC_number . _Entity.Calc_isoelectric_point . _Entity.Formula_weight . _Entity.Formula_weight_exptl . _Entity.Formula_weight_exptl_meth . _Entity.Details . _Entity.DB_query_date . _Entity.DB_query_revised_last_date . loop_ _Entity_comp_index.ID _Entity_comp_index.Auth_seq_ID _Entity_comp_index.Comp_ID _Entity_comp_index.Comp_label _Entity_comp_index.Entry_ID _Entity_comp_index.Entity_ID 1 1 DC . c18453_2lsz 1 2 2 DG . c18453_2lsz 1 3 3 DT . c18453_2lsz 1 4 4 DA . c18453_2lsz 1 5 5 DC . c18453_2lsz 1 6 6 DG . c18453_2lsz 1 7 7 DC . c18453_2lsz 1 8 8 DA . c18453_2lsz 1 9 9 DT . c18453_2lsz 1 10 10 DG . c18453_2lsz 1 11 11 DC . c18453_2lsz 1 stop_ loop_ _Entity_poly_seq.Hetero _Entity_poly_seq.Mon_ID _Entity_poly_seq.Num _Entity_poly_seq.Comp_index_ID _Entity_poly_seq.Entry_ID _Entity_poly_seq.Entity_ID . 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Experimental detail # ######################### ################################## # NMR Spectrometer definitions # ################################## save_spectrometer_1 _NMR_spectrometer.Sf_category NMR_spectrometer _NMR_spectrometer.Sf_framecode spectrometer_1 _NMR_spectrometer.Entry_ID c18453_2lsz _NMR_spectrometer.ID 1 _NMR_spectrometer.Details . _NMR_spectrometer.Manufacturer Varian _NMR_spectrometer.Model INOVA _NMR_spectrometer.Serial_number . _NMR_spectrometer.Field_strength 600 save_ save_NMR_spectrometer_list _NMR_spectrometer_list.Sf_category NMR_spectrometer_list _NMR_spectrometer_list.Sf_framecode NMR_spectrometer_list _NMR_spectrometer_list.Entry_ID c18453_2lsz _NMR_spectrometer_list.ID 1 loop_ _NMR_spectrometer_view.ID _NMR_spectrometer_view.Name _NMR_spectrometer_view.Manufacturer _NMR_spectrometer_view.Model _NMR_spectrometer_view.Serial_number _NMR_spectrometer_view.Field_strength _NMR_spectrometer_view.Details _NMR_spectrometer_view.Citation_ID _NMR_spectrometer_view.Citation_label _NMR_spectrometer_view.Entry_ID _NMR_spectrometer_view.NMR_spectrometer_list_ID 1 spectrometer_1 Varian INOVA . 600 . . . c18453_2lsz 1 stop_ save_ ############################# # NMR applied experiments # ############################# save_experiment_list _Experiment_list.Sf_category experiment_list _Experiment_list.Sf_framecode experiment_list _Experiment_list.Entry_ID c18453_2lsz _Experiment_list.ID 1 _Experiment_list.Details . loop_ _Experiment.ID _Experiment.Name _Experiment.Raw_data_flag _Experiment.NMR_spec_expt_ID _Experiment.NMR_spec_expt_label _Experiment.MS_expt_ID _Experiment.MS_expt_label _Experiment.SAXS_expt_ID _Experiment.SAXS_expt_label _Experiment.FRET_expt_ID _Experiment.FRET_expt_label _Experiment.EMR_expt_ID _Experiment.EMR_expt_label _Experiment.Sample_ID _Experiment.Sample_label _Experiment.Sample_state _Experiment.Sample_volume _Experiment.Sample_volume_units _Experiment.Sample_condition_list_ID _Experiment.Sample_condition_list_label _Experiment.Sample_spinning_rate _Experiment.Sample_angle _Experiment.NMR_tube_type _Experiment.NMR_spectrometer_ID _Experiment.NMR_spectrometer_label _Experiment.NMR_spectrometer_probe_ID _Experiment.NMR_spectrometer_probe_label _Experiment.NMR_spectral_processing_ID _Experiment.NMR_spectral_processing_label _Experiment.Mass_spectrometer_ID _Experiment.Mass_spectrometer_label _Experiment.X_ray_instrument_ID _Experiment.X_ray_instrument_label _Experiment.Fluorescence_instrument_ID _Experiment.Fluorescence_instrument_label _Experiment.EMR_instrument_ID _Experiment.EMR_instrument_label _Experiment.Chromatographic_system_ID _Experiment.Chromatographic_system_label _Experiment.Chromatographic_column_ID _Experiment.Chromatographic_column_label _Experiment.Entry_ID _Experiment.Experiment_list_ID 1 '2D 1H-1H NOESY' no . . . . . . . . . . 1 $sample_1 isotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . 1 $spectrometer_1 . . . . . . . . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 2 '2D 1H-1H COSY' no . . . . . . . . . . 1 $sample_1 isotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . 1 $spectrometer_1 . . . . . . . . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 3 '2D 1H-1H TOCSY' no . . . . . . . . . . 1 $sample_1 isotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . 1 $spectrometer_1 . . . . . . . . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 4 '2D 1H-1H COSY45' no . . . . . . . . . . 1 $sample_1 isotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . 1 $spectrometer_1 . . . . . . . . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 5 '2D DQF-COSY' no . . . . . . . . . . 1 $sample_1 isotropic . . 1 $sample_conditions_1 . . . 1 $spectrometer_1 . . . . . . . . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 6 '2D 1H-1H NOESY' no . . . . . . . . . . 2 $sample_2 isotropic . . 2 $sample_conditions_2 . . . 1 $spectrometer_1 . . . . . . . . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 stop_ save_ #################### # NMR parameters # #################### ############################## # Assigned chemical shifts # ############################## ################################ # Chemical shift referencing # ################################ save_chemical_shift_reference_1 _Chem_shift_reference.Sf_category chem_shift_reference _Chem_shift_reference.Sf_framecode chemical_shift_reference_1 _Chem_shift_reference.Entry_ID c18453_2lsz _Chem_shift_reference.ID 1 _Chem_shift_reference.Details . loop_ _Chem_shift_ref.Atom_type _Chem_shift_ref.Atom_isotope_number _Chem_shift_ref.Mol_common_name _Chem_shift_ref.Atom_group _Chem_shift_ref.Concentration_val _Chem_shift_ref.Concentration_units _Chem_shift_ref.Solvent _Chem_shift_ref.Rank _Chem_shift_ref.Chem_shift_units _Chem_shift_ref.Chem_shift_val _Chem_shift_ref.Ref_method _Chem_shift_ref.Ref_type _Chem_shift_ref.Indirect_shift_ratio _Chem_shift_ref.External_ref_loc _Chem_shift_ref.External_ref_sample_geometry _Chem_shift_ref.External_ref_axis _Chem_shift_ref.Indirect_shift_ratio_cit_ID _Chem_shift_ref.Indirect_shift_ratio_cit_label _Chem_shift_ref.Ref_correction_type _Chem_shift_ref.Correction_val _Chem_shift_ref.Correction_val_cit_ID _Chem_shift_ref.Correction_val_cit_label _Chem_shift_ref.Entry_ID _Chem_shift_ref.Chem_shift_reference_ID H 1 TSP 'methylene protons' . . . . ppm 0 internal direct 1.0 . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 stop_ save_ ################################### # Assigned chemical shift lists # ################################### ################################################################### # Chemical Shift Ambiguity Index Value Definitions # # # # The values other than 1 are used for those atoms with different # # chemical shifts that cannot be assigned to stereospecific atoms # # or to specific residues or chains. # # # # Index Value Definition # # # # 1 Unique (including isolated methyl protons, # # geminal atoms, and geminal methyl # # groups with identical chemical shifts) # # (e.g. ILE HD11, HD12, HD13 protons) # # 2 Ambiguity of geminal atoms or geminal methyl # # proton groups (e.g. ASP HB2 and HB3 # # protons, LEU CD1 and CD2 carbons, or # # LEU HD11, HD12, HD13 and HD21, HD22, # # HD23 methyl protons) # # 3 Aromatic atoms on opposite sides of # # symmetrical rings (e.g. TYR HE1 and HE2 # # protons) # # 4 Intraresidue ambiguities (e.g. LYS HG and # # HD protons or TRP HZ2 and HZ3 protons) # # 5 Interresidue ambiguities (LYS 12 vs. LYS 27) # # 6 Intermolecular ambiguities (e.g. ASP 31 CA # # in monomer 1 and ASP 31 CA in monomer 2 # # of an asymmetrical homodimer, duplex # # DNA assignments, or other assignments # # that may apply to atoms in one or more # # molecule in the molecular assembly) # # 9 Ambiguous, specific ambiguity not defined # # # ################################################################### save_assigned_chem_shift_list_1 _Assigned_chem_shift_list.Sf_category assigned_chemical_shifts _Assigned_chem_shift_list.Sf_framecode assigned_chem_shift_list_1 _Assigned_chem_shift_list.Entry_ID c18453_2lsz _Assigned_chem_shift_list.ID 1 _Assigned_chem_shift_list.Sample_condition_list_ID 1 _Assigned_chem_shift_list.Sample_condition_list_label $sample_conditions_1 _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_reference_ID 1 _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_reference_label $chemical_shift_reference_1 _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_1H_err . _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_13C_err . _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_15N_err . _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_31P_err . _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_2H_err . _Assigned_chem_shift_list.Chem_shift_19F_err . _Assigned_chem_shift_list.Error_derivation_method . _Assigned_chem_shift_list.Details . _Assigned_chem_shift_list.Text_data_format . _Assigned_chem_shift_list.Text_data . loop_ _Chem_shift_experiment.Experiment_ID _Chem_shift_experiment.Experiment_name _Chem_shift_experiment.Sample_ID _Chem_shift_experiment.Sample_label _Chem_shift_experiment.Sample_state _Chem_shift_experiment.Entry_ID _Chem_shift_experiment.Assigned_chem_shift_list_ID 1 '2D 1H-1H NOESY' . . . c18453_2lsz 1 stop_ loop_ _Atom_chem_shift.ID _Atom_chem_shift.Assembly_atom_ID _Atom_chem_shift.Entity_assembly_ID _Atom_chem_shift.Entity_ID _Atom_chem_shift.Comp_index_ID _Atom_chem_shift.Seq_ID _Atom_chem_shift.Comp_ID _Atom_chem_shift.Atom_ID _Atom_chem_shift.Atom_type _Atom_chem_shift.Atom_isotope_number _Atom_chem_shift.Val _Atom_chem_shift.Val_err _Atom_chem_shift.Assign_fig_of_merit _Atom_chem_shift.Ambiguity_code _Atom_chem_shift.Occupancy _Atom_chem_shift.Resonance_ID _Atom_chem_shift.Auth_entity_assembly_ID _Atom_chem_shift.Auth_asym_ID _Atom_chem_shift.Auth_seq_ID _Atom_chem_shift.Auth_comp_ID _Atom_chem_shift.Auth_atom_ID _Atom_chem_shift.Details _Atom_chem_shift.Entry_ID _Atom_chem_shift.Assigned_chem_shift_list_ID 1 . 1 1 1 1 DC H1' H 1 5.74 . . . . . . 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B . 1 DC N1 . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 . 3 . 1435 . 1 1 1 DC N3 N 0.010 -3.306 1.132 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . B . 1 DC N3 . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 . 3 . 1436 . 1 1 1 DC N4 N -2.092 -3.145 2.017 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . B . 1 DC N4 . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 . 3 . 1437 . 1 1 1 DC O2 O 2.045 -3.423 0.243 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . B . 1 DC O2 . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 . 3 . 1438 . 1 1 1 DC O3' O 5.076 -8.143 1.295 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . B . 1 DC O3' . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 . 3 . 1439 . 1 1 1 DC O4' O 2.778 -6.308 0.071 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . B . 1 DC O4' . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 . 3 . 1440 . 1 1 1 DC O5' O 1.889 -9.073 -1.583 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . B . 1 DC O5' . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 . 3 . 1441 . 1 1 2 DG C1' C 5.711 -3.850 4.527 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . 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B . 2 DG C5' . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 . 3 . 1449 . 1 1 2 DG C6 C 1.086 -2.233 4.446 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . B . 2 DG C6 . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 . 3 . 1450 . 1 1 2 DG C8 C 3.373 -4.854 4.992 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . B . 2 DG C8 . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 . 3 . 1451 . 1 1 2 DG H1 H 0.830 -0.299 3.938 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . B . 2 DG H1 . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 . 3 . 1452 . 1 1 2 DG H1' H 6.102 -2.835 4.599 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . B . 2 DG H1' . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 . 3 . 1453 . 1 1 2 DG H2' H 5.881 -5.644 5.717 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . B . 2 DG H2' . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 . 3 . 1454 . 1 1 2 DG H2'' H 6.624 -4.205 6.454 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . B . 2 DG H2'' . . . . . . . . . c18453_2lsz 1 . 3 . 1455 . 1 1 2 DG H21 H 4.101 0.888 3.413 . . . 1.0 . . . . . . . . . . . . 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